PCR (聚合酶鏈式反應) 是一種用來放大特定DNA片段的技術。在PCR反應結束後，反應混合物中除了目的DNA片段外，還包含許多雜質，例如未反應完的引物、dNTPs、酶等。這些雜質可能會在後續的實驗中產生干擾，例如在定序、克隆等實驗中造成偽陽性或偽陰性結果。因此，在進行後續實驗前，通常需要進行clean步驟，以去除這些雜質，提高實驗結果的準確性。

clean步驟的主要目的是：

去除未反應完的引物和dNTPs： 這些物質可能會在後續的反應中產生非特異性結合，影響實驗結果。
去除酶： 酶在高溫下可能會失活，但殘留的酶仍可能影響後續的實驗。
濃縮目的DNA片段： 將目的DNA片段濃縮，提高其在樣品中的濃度，有利於後續實驗。
 

傳統的clean方法主要有以下幾種：

磁珠法： 利用磁珠與DNA的結合特性，通過磁力將DNA從反應混合物中分離出來，達到純化目的。這種方法操作簡單、快速，是目前最常用的clean方法之一。
柱式純化法： 利用矽膠膜的吸附特性，將DNA吸附在膜上，再通過洗脫液將DNA洗脫下來。這種方法純化效果較好，但操作步驟較多，時間較長。
有機溶劑抽提法： 傳統的DNA純化方法，通過有機溶劑將DNA從蛋白質和脂質等雜質中分離出來。這種方法純化效果好，但操作繁瑣，有毒有機溶劑的使用也增加了安全風險。

如果不做clean可以嗎？

一般來說，不建議不做clean步驟。 因為PCR反應後的產物中含有大量的雜質，這些雜質會對後續實驗產生多種影響：

降低實驗的準確性： 雜質可能會導致偽陽性或偽陰性結果，影響實驗的可靠性。
影響酶切效率： 雜質可能會抑制酶切反應，影響克隆實驗的效率。
污染儀器： 雜質可能會污染PCR儀、定序儀等儀器，影響儀器的性能。
 

但是，在某些特定的情況下，可以考慮不做clean步驟：

樣品量非常有限： 對於珍貴的樣品，每一步操作都可能導致樣品量的損失，此時可以考慮不做clean步驟，直接進行後續實驗。
後續實驗對純度要求不高： 如果後續實驗對DNA的純度要求不高，例如進行定量PCR，可以考慮不做clean步驟。
需要注意的是，不做clean步驟會增加實驗失敗的風險，因此在做出決定之前，需要仔細評估實驗的具體情況。